中國對小曲的叫法各地不一，如酒藥、酒餅、白曲、米曲等。
小曲所含的微生物主要是黴菌和酵母菌。
小曲糖化力比大曲強，繁殖快，釀酒用曲量少等特點。
黴菌包括根黴、毛黴、黃曲黴、黑曲黴等，而主要的是根黴。
根黴是藻狀菌綱、毛黴目、根黴屬單細胞微生物，菌絲沒有橫膈膜，借孢子囊孢子進行繁殖。
小曲中常見的根黴有河內根黴、米根黴日本根黴、爪哇根黴、華根黴、德式根黴、黑根黴、臺灣根黴等，各種菌種之間主要是在適應性、生長特征、糖化力強弱以及代謝產物上有所差異。
應用於生產小曲酒的根黴，要求生長迅速，適應力和糖化力強，具有一定的產酸能力；生產中最常用的菌株有河內根黴、白曲根黴、米根黴和Q303根黴等。
其中河內根黴糖化力強，能生成乳酸等有機酸，酒化酶活力也高，是廣泛使用的菌株；白曲根黴、米根黴糖化力強，產酸力高，有一定產酒力，多用於米糠制曲和散曲中；Q303菌株生長速度快，糖化力、產酸力比河內根黴更強，酒化酶活力較弱，性能穩定，是一株優良菌株。
根黴能將糧食中淀粉結構中的α-1,4鍵和α-1，6鍵切斷，使淀粉絕大部分轉化為可發酵性糖。
由於固態小曲酒生產系統是開放式的，因此給細菌的浸入創造了條件。
如何減少細菌對生產的污染，是一個不可忽視的問題。
浸入小曲酒生產的細菌絕大多數是桿菌，但發酵糟及配糟中卻以球菌占優勢，而發酵後期桿菌占統治地位，如乳酸菌而在小曲酒生產中，稱『雜菌污染』的菌種主要是乳酸菌、醋酸菌、丁酸菌等，污染嚴重，可使培菌糟、發酵糟生酸量過大而影響產酒率和酒質。
純型乳酸菌多為嫌氣性桿菌，生存乳酸菌能力強，而白酒生產的發酵糟多是異型乳酸菌《乳球菌》，具有偏嫌氣性或好氣性，能將己糖轉變成乳酸、酒精及二氧化碳。
醋酸菌是氧化細菌的重要菌種，在溫度、時間等不同培養條件下，其形態差別很大，有球形、鏈球形、長桿形、短桿形等，它的產酸能力也很強，對酵母菌的影響很大；能將部分糖轉化成酸，但一定量的酸對生香、控制生產有好處，過多則造成危害。
但實際生產中不是醋酸不足，而是過剩。
其次還有丁酸菌、己酸菌、粘液菌、枯草桿菌和放線菌等，生成的一些微量物質，可影響酒的風味，有的使材料發粘，曲料板硬，妨礙正常發酵等。
根黴菌的主要特性
根黴菌具有邊生育、邊糖化、邊發酵的作用：我們的小曲酒生產一般都是將蒸好的原料拌入小曲，經過堆積、保溫，使其培菌糖化，主要是起根黴和酵母菌擴大培養和部分糖化的作用。
可以很少量的曲，而達到較高的糖化發酵能力，這主要是利用了邊生育、邊糖化，同時還邊發酵的作用。
此種菌的性能和生產方式是很獨特的。
根黴適宜多菌混合培養環境：從混合培養上看，根黴和其他菌類相比具有一定的『共棲性』，這是根黴的一大優點。
在下曲坯上，多種野生菌類『雜居』在一起，根黴卻能『和平共處』，並在小曲中充當主力軍；而曲黴的『共棲性』較差，不能在混合培養中旺盛生長。
根黴具有一定的產酸能力：根黴產有機酸的能力比黃曲黴大得多。
根黴菌株的產酸種類與該菌的生態分佈有關，產乳酸者多自白酒曲中分離出，產延胡索酸者多從五谷中分離出。
若發酵初期即產乳酸，則對形成乳酸乙酯有利，對形成小曲白酒風格有利。
另外，保持酒醅一定的酸度，即可抑制雜菌生長。
根黴所產的乳酸是L型的，能被人體及微生物直接利用